Звеното за вътрешен одит е на пряко подчинение на министъра и осъществява вътрешния одит по Закона за вътрешния одит в публичния сектор (ЗВОПС).

Звеното осъществява дейността по вътрешен одит на всички структури, програми, дейности и процеси в министерството, включително на разпоредителите със средства на Европейския съюз и на разпоредителите с бюджетни кредити от по-ниска степен към министъра.

Звеното докладва директно на министъра.

Звеното за вътрешен одит:

1. планира, извършва и докладва дейността по вътрешен одит в съответствие с изискванията на ЗВОПС, стандартите за вътрешен одит, Етичния кодекс на вътрешните одитори, статута на вътрешния одит и утвърдената от министъра на финансите методика за вътрешен одит в публичния сектор;
2. изготвя на базата на оценка на риска тригодишен стратегически план и годишен план за дейността си, които се утвърждават от министъра;
3. изготвя одитен план за всеки одитен ангажимент, който съдържа обхват, цели, времетраене и разпределение на ресурсите за изпълнение на ангажимента, одитния подход и техники, вида и обема на проверките;
4. дава на министъра независима и обективна оценка за състоянието на одитираните системи за финансово управление и контрол;
5. оценява процесите за идентифициране, оценяване и управление на риска, въведени от министъра;
6. проверява и оценява: съответствието на дейностите със законодателството, вътрешни актове и договори; надеждността и всеобхватността на финансовата и оперативната информация; създадената организация по опазване на активите и информацията; ефективността, ефикасността и икономичността на дейностите; изпълнението на задачите, договорите, поетите ангажименти и постигането на целите;
7. консултира министъра по негово искане, като дава съвети и изразява мнения и становища с цел подобряване процесите на управление на риска и контрола;
8. докладва и обсъжда с министъра и с ръководителите на структурите, чиято дейност е одитирана, резултатите от всеки извършен одитен ангажимент и представя одитен доклад;
9. дава препоръки в одитните доклади за подобряване на адекватността и ефективността на системите за финансово управление и контрол, подпомага министъра при изготвянето на план за действие и извършва проверки за проследяване изпълнението на препоръките;
10. изготвя и представя на министъра годишен доклад за дейността по вътрешен одит;
11. осигурява повишаването на професионалната квалификация на вътрешните одитори и осъществява контакти с другите звена за вътрешен одит от организациите от публичния сектор с цел обмяна на добри практики.