Българска академия на науките
- Геологически институт
- Институт за балканистика с Център по тракология „Проф. Александър Фол“
- Институт за български език „Професор Любомир Андрейчин“
- Институт за гората
- Институт за държавата и правото
- Институт за етнология и фолклористика с Етнографски музей при БАН
- Институт за изследване на изкуствата
- Институт за изследване на населението и човека
- Институт за изследвания на климата, атмосферата и водите
- Институт за икономически изследвания
- Институт за исторически изследвания
- Институт за литература на БАН
- Институт за космически изследвания и технологии
- Институт за ядрени изследвания и ядрена енергетика
- Институт по астрономия с Национална астрономичекса обсерватория
- Институт по биология и имунология на размножаването
- Институт по биофизика и биомедицинско инженерство
- Институт по биоразнообразие и екосистемни изследвания
- Институт по експериментална морфология, патология и антропология с музей (ИЕМПАМ)
- Институт по електроника
- Институт по електрохимия и енергийни системи
- Институт по инженерна химия
- Институт по информационни и комуникационни технологии
- Институт по катализ
- Институт по математика и информатика
- Институт по металознание, съоръжения и технологии "Акад. А. Балевски" с Център по хидро- и аеродинамика - гр. Варна
- Институт по механика
- Институт по микробиология
- Институт по минералогия и кристалография „Акад. Иван Костов“
- Институт по молекулярна биология „Акад. Румен Цанев“
- Институт по невробиология
- Институт по обща и неорганична химия
- Институт по океанология - гр. Варна
- Институт по оптически материали и технологии „Акад. Йордан Малиновски“
- Институт по органична химия с Център по фитохимия
- Институт по полимери
- Институт по роботика
- Институт по физика на твърдо тяло
- Институт по физикохимия
- Институт по физиология на растенията и генетиката
- Институт по философия и социология
- Кирило-Методиевски научен център на БАН
- Национален археологически институт с музей
- Национален институт по геофизика, геодезия и география
- Национален институт по метеорология и хидрология
- Национален природонаучен музей
- Централна лаборатория по приложна физика - Пловдив
- Централна лаборатория по слънчева енергия и нови енергийни източници
- Център по растителна системна биология и биотехнология - Пловдив